Wnętrze kościoła zdobi polichromia w technice sgraffitowej wykonana w latach 1965-68 przez Józefa i Łucję Oźminów, która przedstawia sceny z życia Jezusa (chrzest nad Jordanem, rozmnożenie chleba, Zmartwychwstanie oraz Drogę Krzyżową). Pod chórem umieszczone są sceny z życia patronów parafii: św. Piotra – uwolnienie z więzienia i św. Pawła – nawrócenie Szawła pod Damaszkiem. Na ścianie północnej przedstawione są sceny z historii Kościoła w XX w.: prześladowania w czasie II wojny światowej, które są symbolizowane przez postacie biskupa Michała Kozala i ojca Maksymiliana Kolbe na tle obozu koncentracyjnego i krematorium – w dymie z komina ukazuje się Matka Boska. Na innym z fresków ukazany jest papież Jan XXIII, który przygarnia do siebie ludzi różnych wyznań, ras i narodowości: Roberta Kennedy’ego, pastora Martina Luthera Kinga i prawosławnego patriarchę Konstantynopola Atenagorasa I. Natomiast fresk najniższy przedstawia biskupa włocławskiego Antoniego Pawłowskiego, wręczającego papieżowi Pawłowi VI na audiencji w 1968 r. statuty Synodu Włocławskiego. W nawie północnej ukazane jest sprowadzenie przez Bolesława Chrobrego Pięciu Braci Męczenników do Polski. Jest tu też jeden z pierwszych w Polsce ołtarzy ustawionych według wymogów konstytucji soborowej o liturgii. Wykonany jest z marmuru karraryjskiego. W oknach umieszczono witraże z wizerunkami świętych. Kościół został rozbudowany w latach 1985-89 wg projektu prof. Jana Tajchmana. Fasadę zdobią rzeźby świętych wykonane przez Wacława Bębnowskiego. Wewnątrz świątyni znajduje się kilka tablic pamiątkowych poświęconych budowniczym kościoła, dr. Romanowi Ignatowskiemu, prezesowi TPC Konradowi Olchowiczowi, ofiarom wojny polsko - bolszewickiej i II wojny światowej, ks. Jerzemu Popiełuszce i ks. Antoniemu Owczarkowi. Jest też polsko-niemiecki tryptyk „Pojednanie” proj. Tadeusza A. Wojtasika. Kościół został odnowiony dzięki proboszczowi - ks. prałatowi Grzegorzowi Karolakowi, który jest honorowym obywatelem miasta. Świątynia jest przystosowana dla osób niepełnosprawnych.